يعتمد مجلس الإدارة القواعد الرئيسية لتشغيل نظم الدفع، وتشمل على الأخص ما يأتي :

(أ) قواعد إصدار أوامر التحويل ، وتحديد اللحظة التي لا يجوز بعدها للمشارك العدول عن تنفيذها .

(ب) لحظة تسوية أوامر التحويل ، وآلية إتمام التسوية ، سواء تمت التسوية مباشرة أو عن طريق مقاصة ثنائية أو متعددة الأطراف .

(جـ) أسس استخدام الأوراق أو الأدوات المالية كضمانة ، وطرق استخدامها للوفاء بمستحقات المشاركين بالنظام.

(د) الإجراءات التي يمكن أن يتخذها في حالة عدم قدرة أحد المشاركين في النظام على الوفاء بالتزاماته .

(د) لحظة نهائية التسوية والتي لا يجوز بعدها الرجوع فيها .

وللبنك المركزى إلزام مشغل نظام الدفع بإجراء أي تعديل على تلك القواعد کلما ارتأى ذلك.وتكون لأوامر التحويل التي تتم طبقاً لقواعد تشغيل نظم الدفع جميع الآثار القانونية ، وتكون نهائية وملزمة لأطرافها ، وواجبة النفاذ .